在国内，大多数洁净空调系统都不是24h连续运行的。对于间歇运行的洁净空调系统来说，在其停止运行后，由于受室外气象条件的影响，室内空气温度会发生变化，同时房间围护结构也会蓄存一定的热量或冷量。要使空调房间在使用时就具备要求的室温，则在此之前必须使洁净空调系统先运行起来，提前供冷或供暖，以消除围护结构储存的热量或冷量，把室温降低或升高到使用要求值。

由于空调房间围护结构的热工性能、室外气象条件、房间使用功能等情况不同，其预冷或预热的时间长短也是有差异的，即使是同一房间、同一系统也会因室外气象条件的变化而影响到预冷或预热时间的长短。因此，要结合实际，分析总结出不同情况下合理的预冷或预热时间，进而得到不同情况下洁净空调系统合理的开机时间。

预冷或预热时间过长，则容易在洁净室开始使用时出现过冷或过热现象，这样既多消耗了能量，又使在车间内部工作的人员感到不适，反之，预冷或预热时间不够，则在洁净室开始使用时不能满足室温要求，即造成运行事故，由此带来的影响可能无足轻重，也可能无法估量。由此可见，确定合理的开机时间意义重大。

当洁净室停止使用时，就相应停止洁净空调系统的运行，从满足空调使用的角度来说是没有问题的，但从节能的角度来看停机的时间就相对晚了点。因为洁净室使用时间够长时，其围护结构的蓄冷(热)能力就显露出来了，能在停机后发挥出一定作用，使室温不至于上升或下降得太快。当然，这种蓄存的冷热量所起作用的维持时间与围护结构的热工性能、室外气象条件以及室内负荷大小有直接关系。对于没有外窗或外窗面积很小、围护结构为钢筋混凝士或砖砌体重型结构的房间，在室外气象条件不太恶劣(如无太阳强辐射、无大风).而且室内负荷小于设计负荷的情况下，就可以提前一些时间停机，反之则提前量小一点。

对于风机盘管系统来说，可以先停止冷热源(冷水机组或锅炉)的运行，而让水系统和风机盘管继续工作，充分利用循环流动的水的温升(降)所具有的显热能来配合空调房间围护结构释放出的蓄存冷热量，一起维持空调房间在停止使用前一段时间内的室温要求。冷热源能提前多少时间停机同样也要结合室内外的空气参数以及建筑围护结构等情况，通过分析、试验得出。总之，为了达到经济节能的目的，要想方设法缩短洁净空调系统的运行时间或冷热源的使用时间。